Muzium Kota Tinggi mula dibuka kepada umum sejak 30 Ogos 2002 dan dirasmikan oleh Duli Yang Maha Mulia Tunku Ibrahim Ismail Ibni Sultan Iskandar pada 29 Februari 2004.

Pengisian Muzium Kota Tinggi ialah berdasarkan sejarah Kesultanan Melayu yang bermula pada 1528 hingga 1699.

Pelbagai artifak turut dipamerkan sezaman dengan peristiwa-peristiwa yang diketengahkan.